17歳の海堂清人は、その特殊能力が見込まれ、大統領 首席補佐官として着任する。
そこは、幼馴染である同い年の大統領・大空翔子を始め、 自ら戦線に身を投じる女子高生閣僚たちを中心とした決戦型内閣であった。
着任の日。清人が新日本国の首都、軽井沢にある国会 議事戦艦「ながた」へと向かうところから、物語は始まる。
そこでは反政府デモが行われていた。「大国」の脅威にさらされ、内憂外患が絶えない新日本国の現状があった。
100日後に控えた次期大統領選。
政敵との戦い。「大国」への防衛戦。様々な策謀が渦巻く、激動の日々が清人を待っていた。